Der Bau des Nord-Ostsee-Kanal von 1887 bis 1895 war von einschneidender Bedeutung für Sehestedt, trennt er doch seit mehr als einhundert Jahren das Dorf in einen Süd- und Nordteil. Mit einer Länge von 93,65 km verbindet der Kanal die Nordsee bei Brunsbüttel mit der Ostsee bei Kiel-Holtenau und erspart damit den Umweg rund um Jütland mit rund 250 Nautischen Meilen, also etwa 450 Kilometer. Waren für seinen Bau ursprünglich strategische Gründe maßgeblich, steht heute der Warenverkehr mit den Ostsee-Anrainerstaaten und der übrigen Welt im Vordergrund. Die Kanalpassage dauert für ein Frachtschiff von etwa sechseinhalb bis zehn Stunden, abhängig vom Schiffsverkehr, dem Schleusenzustand und der Tide in Brunsbüttel.
In Sehestedt verbindet eine freifahrende 45 Tonnen Fähre bei Kanal-Kilometer 75,331 für Kraftfahrzeuge, Radfahrer und Fußgänger als kostenlose Verbindung beide Ufer.
Der Kanal besitzt für Einwohner und Gäste gleichermaßen große Attraktivität. Jährlich passieren auch Traumschiffe mit klangvollen Namen wie „Europa“, „Aidacara“, „The World“ oder auch das Fernseh-Traumschiff „Amadea“ den Kanal. Sie werden regelmäßig bei Sehestedt von zahlreichen Schaulustige aufLogenplätzen zu beiden Seiten des Kanals erwartet.
Aktuelle Informationen über die Passagezeiten der Traumschiffe bietet das Online-Portal Traumschiffe im NOK